Le origine del centro sono incerte, diverse leggende le legano a divinità mitologiche e alcuni studi ipotizzano che la città sia stata fondata dall’imperatore Caracalla.
L’ipotesi più affidabile secondo le fonti storiche, farebbe risalire l’origine di Bassiano al X secolo con un primo nucleo abitativo composto da pastori e contadini, i quali trovarono qui un rifugio alle continue scorrerie barbariche.
Papa Gregorio IX nel 1240 affidò a Trasmondo Annibaldi Bassiano, come ringraziamento per l’aiuto ricevuto nella lotta contro i tentativi di invasione di Federico II.
Già dal 1297 tuttavia il controllo della città passò sotto ai Caetani che rimasero i signori dell’area fino alla soppressione dei feudi, ad eccezione di un decennio in cui la proprietà fu in mano ai Borgia.
I Caetani iniziarono a lasciare segni del loro dominio solo dal XVI secolo con la costruzione del palazzo Baronale.
L’edificio, voluto da Bonifacio Caetani nel 1554, rappresentò un valido rifugio dal clima malsano e le insidie della palude, fino a diventare con il tempo un luogo di cura.
La cittadina diede i natali a Aldo Manuzio (1449-1515), considerato tuttora uno dei più grandi stampatori del Rinascimento.