Au départ de Pontarlier débute l’ultime étape de montée pour franchir la montagne du Jura. Sur quelques kilomètres, la Via Francigena suit la même direction que la Route de l’absinthe reliant la ville comtoise au Val de Travers, deux hauts lieux de cette boisson à la troublante réputation.

La cluse de Joux constitue un passage obligé sur la route vers la Suisse. Le château de Joux et le fort du Larmont gardent ce site stratégique. Entre forêts et pâturages, le chemin continue à gagner en altitude à travers les paysages sauvages du Haut-Doubs jusqu’au village des Fourgs, avant de franchir la frontière à la Grand’Borne et de rejoindre Sainte-Croix en passant par L’Auberson, capitale de la boîte à musique.